OpenMP + OpenMPI Hybrid Computing

最先端分野で用いられるコンピュータ環境において、分散メモリに対しMessage Passing Interface (MPI)、共有メモリに対しMulti-Threadによって並列化を行う。更にCPU単位でSIMDなどがある。これらのハードウェア資源に対し効率よく計算を高速化するための共通インターフェースが用意されている。それが掲題のライブラリだ。

OpenMPIではバージョン1.8.xまではちゃんとMultithread対応をうたっていなかったようで、1.10.0からオフィシャルに対応したようだ。試してみると1.6.5では動くけど1.8.xでは動かなかったり、不安定だった。そこで、OpenMPI 1.10.0を OS X Yosemiteにインストールついでに、OpenMP対応のClang/LLVMをインストールしてみた。

手順としては、OpenMP対応のClangをインストールし、OpenMP用のランタイムライブラリ Intel OpenMP Runtime Libraryをインストールする。次にOpenMP用Clangに対し、OpenMPIをインストールする。

パッチなど当てる必要も無く、掛かったのは待ち時間だけ。Intelのサンプルプログラムもちゃんと動作した。POSIX Threadなど自前でThread Programmingをする人はOpenMPなどは必要ないけれど、あれば便利。

ちなみに、cmakeはkitwareが提供するツールで無い場合はこれもインストールする必要がある。

OpenMP Clang

 git clone https://github.com/clang-omp/llvm
 git clone https://github.com/clang-omp/compiler-rt llvm/projects/compiler-rt
 git clone -b clang-omp https://github.com/clang-omp/clang llvm/tools/clang
 mkdir build
 cd build
 cmake -G "Unix Makefiles" ../llvm
 make
 sudo make install

OpenMPI

./configure --enable-mpi-thread-multiple CXX=/usr/local/bin/clang++ CC=/usr/local/bin/clang 

Intel OpenMP Runtime Library

サイトから最新のものをダウンロードし、解凍する。

cd libomp_oss
make compiler=/usr/local/bin/clang
cd /usr/local/include
sudo ln -s /Users/momo/libomp_oss/exports/common/include/omp* .
cd ../lib
sudo ln -s /Users/momo/libomp_oss/exports/mac_32e/lib.thin/libiomp5.dylib .

TPP大筋合意

TPP大筋合意したそうだが、これは消費税増税をするなら必要不可欠だったのだと思う。今の物価のまま消費税を増税したなら、国民の日々の暮らしはキューキューになるのは明白だった。ここで関税を軽減された安い食料品が輸入されることによってどうにかなる、というわけだろう。
ヨーロッパでは高い税率がかかっていて、ドイツでは15％。でも日用品などは7％。それでも結構高いけどそれでもやっていけてたのは、食料品が安いから。いろんな国から安い食品が入ってくるので、安いものを選ぶことが出来る。そうじゃなければやってけない。日々の糧の金額を下げることが出来れば生活はどうにか成立つ。安倍政権もホッとしていることだろうな。

ドイツのスーパーには安いスペイン産のイチゴがあったけど、うちの子はその安いイチゴには目もくれないくせに、近くの農家の露地物のイチゴには目をむいて喰いまくっていた。外国産の安い食品攻撃の矢面に立つ日本の農家の生き残りのすべの基本はこんな所なんだろうなあ。

フェデラーの進化

いきなり錦織選手が負けてしまった全米オープン。がっくりきたが、テニスファンとしては見所が一杯まだある。特にフェデラーはこのところすごい。直近の試合ではシンシナティでジョコビッチにもマレーにも勝っている。驚いたのはハーフボレーでのレシーブ。マイケルチャンが全仏で相手を攪乱するのに使っていたのを見たことがあるが、彼のは完全に戦術。速い展開で相手に十分な時間を与えないために使っているのだろう。マレーも対錦織でかなり前でセカンドを受けていたが、フェデラーのは完全にハーフボレー。これをやっているのを見て思い出したのが、30年くらい昔のスマッシュかなにかに載っていた記事。そこにはビッグビルチルデンのサービスをハーフボレーで返してエースを取った、フランス四銃士の1人、アンリ・コシェの話が載っていた。当然映像で見たことはないので分からんが、当時軟式テニスをやっていたので、仲間にサーブを打ってもらってハーフボレーで返してみたりしたけど、硬式だと全然違うだろうなぁって思ってた。この伝説の技術を目の前で見せてもらって嬉しい限り。グランドストロークで展開するのがほとんどな現在のテニスのなかで、高度な技術で速く展開し、ボレーで決めるフェデラーの試合はとても楽しみ。私のヒーローだったジミーコナーズの展開にも似たフェデラーの最近のスタイルはとても楽しい。実は錦織もこの方向に行こうとしているのでは。彼は最近のプレーヤーにしてはボレーもうまいし（多分凄く練習しているはず）、チャレンジして欲しいなあ。

ASUS GeForce GTX 750Ti on ACER M3985 2

先日、ベンチマーク「MHF大討伐」のベンチが余り速くないと書いたが、最新のドライバをインストールして、再計測したところ、13341辺りの速度となった。これはまあ、妥当な値なんだろうか。最新の3Dゲームをするには弱いカードだが、貧弱な電源でも動くという点ではたいしたものだと言えるんだろうなぁ。ゲームはこれではやらないけど。

ASUS GeForce GTX 750Ti on ACER M3985

うちの計算サーバ、Acer M3985 32GBにOpenCLやCUDAを使った計算環境を入れようと思って、最近人気のGeForce 750TiのGBをインストールした。
うちの計算サーバ、安物なせいか、M3985のPCIスロットのブラケットは２個所ほどくっついたままなので、取り外すのにぐりぐりやって切り取ってやらなければならなかった。その上、ボードの上のチップ抵抗なんかと干渉するのでとても気を遣った。
最初、PIC Expressスロットに指したときは、立ち上がらなかった。しょうが無いので、外して、BIOSでメッセージを出すようにQUIETをDISABLEにして、再インストール＆ブート。American Megatrendのロゴが出た後はほとんど何も出ずに、何回かビープ音を聞いた後、カーソルが左上にでて点滅。そして立ち上がった。
Linuxといっしょに入れてあるWin7から立ち上げて、ドライバをインストール。
うまくいったように見えたが、なぜか、ASUS GPU TreakがVGAドライバーがないからだめといって立ち上がらない。大きくため息をついた後、付属ディスクのドライバーを再インストール。すると新しいドライバをインストールするかと聞かれたのでよろこんでオーケ。
どうにか全部動くようになった。
ただ、MHF大討伐のベンチが3400くらい(1280x1024)しか出ない。これってちゃんと動いてるんだろうか。
OpenSUSE 12.3では結局動作しなかったので、13.2にアップデートし、カーネルソースからNVIDIAのRUNファイルでドライバをインストールしたところ、どうにか動作するようになった。CUDAも動くようだし、とりあえずは完了。
ちなみに、CUDAドライバをインストールしようとしたら/パーティションが小さすぎると言われたので、GPartedでパーティションを変更した。すごいね。このソフト。
GParted Live CDで動作させようとしたら、BIOSのBOOTの順番が光学ディスクドライバがなぜか３番目だったので、１番目に設定し直した。この時もグラフィックボードを全部外さなければならなかったのは言うまでも無い。とほほ。

m-Stick Parallel Computer, anyone?

I happened to know the USB Stickmemory-type computer, m-Stick by Mouse Computer.
This is amazing for its size, price and functions. MS Windows 7 is pre-installed on the computer but I saw somewhere on the net that someone installed Linux on it. Also it has WIFI networks.

I am wondering a parallel computer system could be built with m-Stick computers. It would be funny many m-Stick is connected with some cables and run a cutting-edge MPI software on the system.
Of course it will definitely slow for computing and passing messages, but it would be wonderful experience of parallel computing. Or maybe it would be a useful system for practical applications.

Well, I know brand-new MPI library can run on a single machine imitating parallel system using different processes. But the system is very interesting.

Anyone?

Electro Magnetica Numerica

ある程度、メンテナンスモードに入った当社開発のElectro Magnetica Numerica。様々なデバッグや高速化を施してきた。
そこで、昔i7で１０日くらいかかっていた問題を解いてみた。驚いたことに、１時間半程度で解けてしまった。すごい。こんなに速くなっていたなんて。嬉しくなってしまった。

最強テニスプレーヤー

史上最強のテニスプレーヤーは誰だというのは、テニス愛好家の雑談として良く持ち上がる話題だ。現在、つまりATPやWTAなどの協会がしっかりと運営している状況では比較がしやすい。端的なのは四大タイトルをどれだけ取ったかという事だろう。近年ではフェデラーが抜きんでていることは異存は無いと思う。
テニスというのは随分昔から人気があり、1930年代からプロ化が始まっている。その頃に有名な選手として、ビル・チルデンがあり、その後、フレッド・ペリー、ドン・バッジ、2人のパンチョなど、リジェンドが続く。さすがにこの頃の人たちはテレビで見たこともない。
この頃も現在の四大大会は存在したが、出場はアマチュアに限られ、プロ化が進むと強い選手達は、皆プロの大会に活躍の場を移していく。
そのプロの大会では三大大会が存在していて、アマの大会よりもレベルの高い試合が行われていた。
チルデンなどのレジェンドは良いとして、私がテニスを始めた1970年代辺りで活躍していた選手達はプロの大会に出ていて、四大大会の優勝回数はせいぜいプロになる前に出ている数くらいになる。なので、この辺りの選手達は四大大会の優勝回数だけでカウントされると不利なわけだ。
そこで、ざっくりとして計算をしてみた。1967年までのプロ三大大会の優勝回数を4/3倍して、四大大会の優勝回数に足してみた。その主な結果は以下の通り。

ケン・ローズウォール：２８回（プロ１５回、アマ８回）
ロッド・レーバー：２２回（プロ８回、アマ１１回）
パンチョ・ゴンザレス：１６回（プロ１２回）

ローズウォールが凄すぎる。
彼は、四大大会グランドスラムは無いが、プロ三大大会の年間グランドスラムを行っている。一方、四大大会グランドスラムを２度達成しているレーバーもプロ三大大会の年間グランドスラムを達成している。
また、ローズウォールのすごさはその選手生命の長さだ。３９歳にしてATPランキング２位になっている。ウィンブルドンと全米でもその歳で決勝まで進んでいる。
ずっと、レーバーが最強だと思っていたが、ローズウォール凄し！。

ubuntuパスワードの罠

ubuntu 14.04LTSを MacBook Pro にインストールして使っている。
余り使わない管理専門のアカウントからオンラインアップデートして、暫く席を離れて戻ったら、スクリーンロックがかかっていた。
あー、そんな設定がデフォだっけと思いながらパスワードを入力すると、入力した・の下にアンダーバーがでる。えっと思いながらも、エンターキーを押下した。危惧したとおりパスワードが違うと言われる。そりゃそーだ。日本語で入力されてしまっているのだから。
Althyだかなんだかの日本語フロントエンドは使ったことがない。いろんなキーコンビネーションを使ってみたがうまく入力モードの変更できず。
仕方が無いので、違うアカウントからログインする体で同じアカウントからログイン。この時はちゃんと英語モードになってくれてた。
調べてみるとCtrl-Jでモード切替になっていた。しらんわ。WnnとかCannaはCtrl-SPCとかCtrl-Oだったのに。

でも、パスワード入力の場面で日本語って、必要？デフォでは英語にして欲しいな。と言うわけで、英語環境USがデフォになるようにコントロールパネル？で設定しておいた。

Cooyong International

ガスケにまた負けてしまいましたね、錦織選手。まだ一度も勝っていないのは不思議。順位や年齢からして勝てない相手ではないはずなのに。あのバックハンドがくせ者なんだろうな。このまま引退されてしまうと、二度と勝てない相手になってしまうよね。

TeXShop 2014

ずーっとMacpTex環境でやってきたのだが、最新？iMacに変え、さすがにPowerPCマシンを文章書きにわざわざ使う訳にもいかず、内山さんも引退？したみたいだし、TeXShop 2014をインストールしてみた。インストール自体は暫く前だったが、初めて使ってみて、焦った。昔のドキュメントは文字化けだらけだし、日本語は使えないし、どうしたのっ、できるって書いてあったじゃんよ。
ぐぐったら、一発で日本語が使えるようにするメニューがあった。
TexShop環境設定を開くと、左下に「設定プロファイル」というメニューがある。そこから、自分に合った物を選ぶ。多分一般的には、pTeX(ptex2pdf)を選ぶのだろうな。これで日本語は使えるようになった。メニューの下の方にある旧pTeXを選べば昔のドキュメントが使えるのだろう。

OSX Merverick: ホームディレクトリの罠

10.5とかの頃は、/Usersディレクトリを/etc/fstabに記述して、外部ディスクを指定していた。そして新しいiMacを購入して同じように外部ディスクを設定してやろうと思ったが、虫の知らせか調べてみると、システム環境設定のユーザとグループ内で左の現在のユーザとか表示されているパネルで該当ユーザのコンテキストメニュー（いわゆる右クリック）でホームディレクトリを任意に設定できる事が分かった。そこで、用意されているのだったらと使っていた。
ところが、何らかの拍子で、その外部ディスクがマウントされなかったらしい。するとログインしたところで、初めてのログインだと思われて、ディレクトリを掘られてしまった。しかも、/Volumesディレクトリ内に。つまり、/Volumes/Userz/myhomeがつくられてしまったのだ。本来/Volumesディレクトリは外部ディスクがマウントされたときに使われる特別なディレクトリだ。こんなことにはなって欲しくない。
最初やらかしたであろう時には気がつかず、ディスクが壊れたと思って肝を冷やしていた。仕方ないのでリブートしても状況は変わらない。よく調べてみると、外部ディスクであるUserzディスクは同じ名前が/Volumesにあるものだから、/Volumes/Userz 1/という別名でマウントされていたと言うことが分かった。この時同時にディレクトリが掘られていたと言うことが分かったわけ。

これは怖い。どうしたろう。

fstabでマウントポイントを指定してやるやり方だと、同じ名前のディレクトリにデータがあっても無視してくれるので特に問題は起きない。はず。こっちのほうがたちが良いよな。

Drobo 5D快調だけど、

Drobo5Dをユーザディレクトリに割り当てて運用を始めてから10日ほどたった。その間、少しひやっとすることはあったけれど、順調に動作しているようでほっとしている今日この頃。
ところが最近気がついたことだけれども、Disk Utilityでチェックするといつもボリュームヘッダに異常が見つかる。そのたびにどきどきしながら修復するのだけれど、これは一体どういくことなんだろうか。シャットダウンの仕方がいけないのだろうか。
Droboのシャットダウンの仕方として、まず、iMacをシャットダウンしてから、Droboの後ろの電源ボタンを押してシャットダウンしているのだけれどこれでいいのかどうか。Dashboardからのシャットダウンと、電源ボタンからのシャットダウンと若干Droboの反応が違う気がするだけれど。

Daisy Chain Thunderbolt and FW800

This might be a concern among in some people.
I have a Thunderbolt device (drobo5D) and a Firewire800 one (QUAD Raider EZ).
I tried and confirmed they work fine in daisy chain of Thunderbolt.
I used Apple's FW800 <=> Thunderbolt converter for FW800 device. FW800 is connected to the QUAD Raider EZ and the FW800 wire is converted with the Apple's converter to Thunderbolt wire. The Thunderbolt is connected to drobo5D, and drobo5D is connected to my iMac.
It works fine.
iMac -Thnblt- Drobo5D -Thnblt-Cnvrtr-FW800- QUAD Raider EZ.
I was not sure whether the daisy chain would work with converter or not.